За качеством всей поступающей продукции Государственная лаборатория ветеринарно-санитарной экспертизы осуществляет строгий контроль. Каждое утро начинается с лабораторной проверки всех вновь привезенных продуктов. Кроме оценки внешнего вида продуктов, проводится бактериоскопия - определение количества бактерий, и замеряется содержание пестицидов и других потенциально опасных веществ в овощах и фруктах. Все продукты, которые по каким-либо показателям не соответствуют ГОСТу, не попадают на прилавки Экомаркета.