Территория заказника включает в себя заболоченные леса на правобережье Дубны, окрестности Заболотского озера и долины рек Сулати и Пихты. Это — сплошные низинные болота, и лишь в северной части к болотам примыкают участки высокоствольного леса. Несмотря на то, что вся эта территория в прошлом была частично осушена, здесь сохранились многие типичные экосистемы низинных болот. Значительная часть заказника представлена пойменными черноольховыми лесами, в которых в течение почти всего года сохраняются участки открытой воды. В некоторых местах есть сплавины — следы ледникового озера, зарастающие болотной растительностью. Именно в таких местах селятся журавли. Здесь их обитает не менее 6 пар. А в период осеннего скопления на болотах заказника единовременно ночует более тысячи журавлей.
Озеро Заболотское — в прошлом крупнейшее озеро Журавлиной родины. Осушение болот в 30-е годы прошлого века понизило уровень воды, с тех пор озеро стало быстро зарастать и постепенно превратилось в болото с ивовыми и тростниковыми островами, мелководными заводями, осоковыми полянами и сплавинами. В маловодные годы озеро мелеет, проплыть по нему становится сложно — только по узкому и извилистому руслу Сулати, ведущему в реку Дубну. Берега озера топкие и почти непроходимые.
Открытое пространство озера-болота привлекает большое количество птиц. Здесь находится крупнейшая в Московской области колония белокрылых крачек, гнездится малая чайка, а также другие менее редкие представители этой группы. Здесь гнездятся пастушки и малые погоныши, различные виды куликов, большая и малая выпь. На болотах кормятся журавли, а разнообразные водоплавающие птицы (до нескольких тысяч) собираются здесь для линьки — летней смены оперения.
В заказник входит долина реки Сулати. Этот участок имеет водоохранное значение и ценен, как место обитания редких видов. Здесь гнездятся серые журавли и белая лазоревка. Кроме того, он соединяет территорию Дубненского болотного массива с Батьковским болотом — самым восточным заказником Журавлиной родины.
