Первоначально станция носила название "Кировская", которое связано с проходившей рядом улицей Кирова, которая была так названа в честь знаменитого партийного и государственного деятеля Советского государства 30-х годов прошлого столетия Сергея Мироновича Кирова. Ныне эта улица носит название Мясницкая, а станция метро переименована в 1990-м году в "Чистые пруды".
В годы Великой Отечественной Войны на станции разместились отделы Генерального штаба и Противовоздушной обороны, а вдоль путей были построены временные стены. В связи с этим в эти годы поезда метро на этой станции не останавливались.
Архитектура станции выдержана в сдержанном стиле: своды станционного зала поддерживаются двумя рядами массивных пилонов, которые облицованы дымчатым уфалеем и светлой коелгой. Опоры свода скрываются за широкими карнизами, за которыми располагаются светильники. До 1972 года пол был покрыт асфальтом, затем его выложили розовым и серым мрамором.
Наземный вестибюль выполнен в форме куба. Аналогичной формы вестибюли первоначально были и на станциях "Смоленская" и "Комсомольская". Но именно вестибюль описываемой нами станции сохранился в такой форме в современное время. Примечательно, что в этом вестибюле до наших дней сохранилась старая надпись «Метро».