Существуют две достаточно популярные версии, откуда произошло название "Кутафья": согласно первой оно произошло от слова "кут", обозначавшего укрытие или угол, согласно второй - от слова "кутафия", что означало полная, неповоротливая женщина.
В старинный времена Кутафья башня, как и все другие башни Кремля, венчалась двурогими зубцами и тесовой кровлей в форме шатра. Позднее, в 1685 году на неё «надели корону» — ажурный парапет с деталями из белого камня.
В XVI—XVII веках на реке Неглинной были построены плотины, из-за которых поднялся уровень воды в реке. Благодаря этому Кутафья башня оказалась со всех сторон окружённой водой. Въехать в башню в то время из города можно было только по наклонному мосту.
На сегодняшний момент нижняя часть башни засыпана, поэтому высота её составляет только 13,5 метров, в то время как изначально она была восемнадцатиметровой. Примечательно, что в наши дни, это единственная отводная башня-стрельница столичного Кремля, сохранившаяся до наших дней.