В 1646 году, ещё до устройства монастыря, был построен пятиглавый храм Страстной иконы Богоматери. В 1649 году по повелению царя Михаила Фёдоровича из нижегородского имения князя Лыкова села Палицы в этот храм была перенесена чудотворная Страстная икона. Известно, что ранее, в 1641 году от этой иконы исцелилась женщина в Новгороде, после чего Лыков и перенес икону в свое село Палицы.
В 1778 году в обители случился пожар и в 1779 году по повелению Екатерины II монастырь был восстановлен.
Страстной монастырь был основан в 1654 году царем Алексеем Михайловичем на месте встречи москвичами у ворот Белого города Страстной иконы Божией Матери, по которой он и получил свое название. В 1646 году, ещё до устройства монастыря, был построен пятиглавый храм Страстной иконы Богоматери. В 1649 году по повелению царя Михаила Фёдоровича из нижегородского имения князя Лыкова села Палицы в этот храм была перенесена чудотворная Страстная икона. Известно, что ранее, в 1641 году от этой иконы исцелилась женщина в Новгороде, после чего Лыков и перенес икону в свое село Палицы.В 1778 году в обители случился пожар и в 1779 году по повелению Екатерины II монастырь был восстановлен.
В 1812 году при нашествии французов игуменья Страстного монастыря Тавифа с сестрами оставалась в монастыре. 3 сентября неприятели ворвались в соборную церковь и ограбили её. У святых ворот расстреляли 10 человек, тела их висели трое суток. 4 сентября ворвались в обе церкви и все в них ограбили. Нижнюю церковь обратили в магазин, в келиях поселились гвардейцы. Игуменье позволили жить на паперти, через несколько дней дали келью. Церковь заперли, никого в нее не пускали. Через несколько дней прислали парчовые ризы и прочее нужное для службы, дозволили служить. Службу совершал монастырский священник Андрей Герасимов. Монастырское имущество было разграблено.
В 1849 — 1855 годах была построена надвратная столпообразная, увенчанная шатром колокольня с церковью Алексия Человека Божия (архитектор М. Д. Быковский). Тогда же была заново возведена ограда монастыря.
В начале 1919 года кельи монастыря были заняты Военным комиссариатом. 30 марта 1919 года Страстной монастырь был упразднен. В 1922 году монастырь был захвачен обновленцами. В июне 1924 года в нем еще жили 204 монахини — и студенты Коммунистического университета трудящихся Востока. В апреле 1928 года его помещения были переданы Центроархиву.
Окончательно монастырь упразднён в 1928 году.
С начала 1929 года монастырь был превращен в Центральный антирелигиозный музей Союза безбожников СССР. В 1937 году в ходе реконструкции улицы Горького (ныне Тверская улица) и Пушкинской площади постройки Страстного монастыря были снесены. Ныне на месте монастыря — памятник А. С. Пушкину, сквер и кинотеатр «Пушкинский» (бывш. «Россия»). От названия Страстного монастыря происходят наименование Страстного бульвара и прежнее название Пушкинской площади — Страстная площадь (переименована в 1931 году).
В 1950 году на месте Страстного монастыря был устроен сквер с фонтанами и клумбами и сюда же перенесли памятник А. С. Пушкину, стоявший напротив в начале Тверского бульвара.