После гибели Малюты, по преданию, недвижимость досталась самому Борису Годунову. А уж потом, сменив еще немалое количество владельцев, перешла к думному дьяку Аверкию Кириллову. А в XIX веке в доме разместилось Императорское московское археологическое общество. Одним из его активнейших участников был археолог Игнатий Стеллецкий (который пытался найти библиотеку Ивана Грозного). И Стеллецкий, несмотря на скептические высказывания по поводу легенды, обнаружил в палатах белокаменную лестницу, ведущую куда-то под Москву-реки. И археолог тут же начал подготовку к раскопкам, но строгая и осторожная руководительница общества, графиня Прасковья Уварова отрезала: «Пока я жива, Вы в доме Археологического Общества копать не будете». Так и осталось тайной, куда же ведёт этот подземный ход...
Другие ученые считают, что дом Скуратова как думного дворянина и особо приближенного к царю (в Александровской слободе он занимал должность пономаря) и вовсе мог находиться в Кремле, но это предположение. В правление Ивана Грозного эта территория (от Пречистенской набережной до Большой Никитской улицы) была отдана в опричнину. И вероятно, Малюта действительно получил здесь двор для жительства – на нынешней Волхонке близ храма Христа Спасителя. А его личные конюшни, по преданию, находились в районе Малого Власьевского переулка, что близ Пречистенки. Однако главным доказательством местонахождения его дома на Волхонке стала археологическая находка – могильная каменная плита, обнаруженная при разборке церкви Похвалы Богородицы, стоявшей рядом с храмом Христа Спасителя, для строительства Дворца Советов. Надпись на ней гласила, что здесь похоронен убитый в Ливонской войне Малюта Скуратов. Прежде предполагали, что опричник, убитый в январе 1573 года при штурме ливонской крепости Пайде, был захоронен в Иосифо-Волоколамском монастыре, который особенно любил Иван Грозный. По преданию, истекающий кровью Малюта Скуратов, привезенный в обитель, каясь в своих злодеяниях, сам просил похоронить его у монастырских ворот, дабы каждый входящий попирал его прах ногами. Может быть, Малюту перезахоронили по желанию родственников. Они сохранили родовую усадьбу, имели прочие царские милости, а вдова Скуратова даже получала пожизненную пенсию.