Сам монастырь был закрыт в 1918 году; на его территории, наряду с Ивановским и Новоспасским монастырями, располагался до 1922 года один из первых концентрационных лагерей ВЧК для офицеров и политических противников новой власти. В 1922—1928 годах в монастыре располагалась колония для беспризорников. В 1928 году территория была передана в ведение рабочего коллектива завода «Серп и Молот», в монастырских зданиях, в том числе и в храмах, устроили 200 комнат для рабочих. В 1930—1940-х годах там также располагались учреждения Наркомата обороны.
В 1960 году в монастыре открыли Музей древнерусской культуры и искусства, с иконами XIII–XVII вв. Сейчас в монастыре остается музей, а в Спасском соборе возобновлены службы. В феврале 2013 года Генеральная прокуратура РФ внесла в Министерство культуры следующее представление: «Объекты и земельный участок ФГБУК «Центральный музей древнерусской культуры и искусства имени Андрея Рублева» неправомерно используются коммерческой структурой, руководителем которой является сын директора музея. На территории объекта культурного наследия федерального значения «Ансамбль Андроникова монастыря» самовольно возведено здание ресторана. В церкви Архангела Михаила (XVII века постройки) проводятся бизнес-встречи и конференции.»
Автор репортажа: Ирина Ткачук.