В архитектурный комплекс входят:
Спасский собор (XV в.), Трапезная палата (1504-1506), Церковь Архангела Михаила (1691-1739), Каменная ограда, Святые ворота (XVII в.), Колокольня, Настоятельские покои (XVII-XVIII вв.), Братский корпус (XVIII в.), Духовное училище (1810-1814), Некрополь
В 1947 году, на волне послевоенного патриотического подъема, в год празднования 800-летия Москвы, на территории монастыря был образован Музей им. Андрея Рублева. Его первым директором стал крупный организатор музейного строительства Д.И. Арсенишвили (1905-1963), первым научным сотрудником – выдающийся знаток творчества прп. Андрея Рублева Н.А. Демина (1904-1990). В 2001 году музей отметил их заслуги мемориальными доскам работы скульпторов З.К. Церетели и В.А. Суворова.
К моменту основания Музея монастырь был полностью разорен, музейная коллекция собиралась буквально по крохам, в обстановке крайне негативного отношения государства к отечественному религиозному наследию. Собранные произведения зачастую требовали тщательной и многолетней реставрации. Тем не менее через 13 лет, 21 сентября 1960 года, Музей был открыт и представлен на суд посетителей залы с десятками раскрытых от поздних записей и грязи икон, снятых со стен разрушенных храмов росписей и произведений декоративно-прикладного искусства. Собирательская деятельность и реставрационные работы продолжаются до настоящего времени и являются неотъемлемой частью повседневной музейной жизни.
Ныне экспозиция занимает все отреставрированные и доступные для осмотра помещения трапезной палаты и церкви Архангела Михаила. В Настоятельском корпусе размещается выставочный зал.
В собрании музея иконы русских иконописцев 14-16 вв., настенная живопись, живопсь по дереву и металлу, ювелирные изделия, книги Древней Руси. Детям, которые хотят узнать о Библии, сотрудники музея расскажут об иконах и о связанных с ними сюжетах из Книги Книг.