В состав музея входят предметы из Государственной коллекции уникальных музыкальных инструментов: крупнейшего собрания струнных инструментов мастеров разных стран и эпох, среди которых шедевры А. Страдивари, семей Гварнери, Амати.
Музей располагает современной студией звукозаписи и концертным залом, где установлен орган немецкой фирмы «Schuke» (Потсдам). В фойе Главного здания представлен старейший российский орган работы немецкого мастера Фридриха Ладегаста, который также звучит в концертах.
В Главном здании Музея работает постоянная экспозиция «Музыкальные инструменты народов мира». Проводятся абонементные циклы для взрослых и детей, а также по предварительным заявкам организуются экскурсии и концерты-беседы, вечера звукозаписи, проводятся интерактивные занятия и детские праздники. В выставочном зале и фойе звучат исторические музейные инструменты, в органном зале проводятся концерты и фестивали.
В состав Государственного центрального музея музыкальной культуры имени М.И. Глинки, помимо Главного здания на улице Фадеева, входят отделы (филиалы), расположенные в центре Москвы. Это Музей-квартира А.Б. Гольденвейзера, Музей-квартира Н.С. Голованова, Мемориальная усадьба Ф.И. Шаляпина, Музей С.С. Прокофьева, Музей «П.И. Чайковский и Москва» и Культурный центр им. П.И. Чайковского, Дом-музей С.И. Танеева (в стадии создания).
